Den Ursprung der Zitruspflanzen sucht die Forschung an den Südhängen des Himalaya. Ihre Geschichte dürfte vor etwa acht Millionen Jahren begonnen haben. Genetische Untersuchungen aus dem Jahr 2015 haben nahegelegt, dass die Urmutter der heute bekannten Arten aus der Gattung Citrus große Ähnlichkeit mit der Buchsorange (Severinia buxifolia) gehabt haben dürfte.
Über dreitausend Jahre alte chinesische Schriften erwähnen bereits mehrere Mandarinensorten, die in Yunnan kultiviert wurden und in der ebenso alten kaiserlichen Enzyklopädie werden bereits Mandarinen, Pampelmusen und Yuzu erwähnt und es wird die Technik des Pfropfens der Mandarine auf Poncirus (Citrus trifoliata) beschrieben.
Der Begriff Zitrus kommt vom griechischen Wort für Zeder „Kedros“. Man nimmt an, dass eine Ähnlichkeit im Geruch der Blätter zu dieser Bezeichnung geführt hat. Vielleicht war es auch die Form der Früchte, die an Zedernzapfen erinnert haben könnten. Jedenfalls war der griechische Populärname für Citrus medica grundlegend für den Gattungsbegriff. Daneben gibt es eine weitere Bezeichnung für Zitrusfrüchte, „Hesperiden“, die sich aus der Mythologie ableitet. Der Name geht auf die Geschichte zurück, in der Herkules den Auftrag erhält, aus dem Garten der Hesperiden einen der eifersüchtig bewachten goldenen Äpfel zu stehlen. Der „Goldene Apfel“ steckt ja auch in der Orange (Pomme orange).
Zedrate (Citrus medica) wurden schon seit langer Zeit in Indien und Mandarinen seit alters her in China kultiviert. Erstere dürften über Persien nach Europa gekommen sein. Als Verbreiter des „Medischen Apfels“ gilt Alexander der Große. Die Sorte Etrog ist eine bedeutende Requisite beim jüdischen Laubhüttenfest.
Im römischen Reich wurden Zedrate, vielleicht auch Zitronen, in Italien verbreitet angebaut.
Saure Orangen, die „Arangus“ (Pomeranzen, Bitterorangen) wurden von den Arabern vor allem wegen ihrer duftenden Blüten angebaut. Das Aroma der „Azahare“ findet sich als Orangenblütenwasser heute noch in arabischen Süßigkeiten. Ab dem 12. Jahrhundert waren Zedrat, Pomeranze, Zitrone und Pampelmuse (Citrus maxima) im ganzen Herrschaftsgebiet der Araber verbreitet, und hatten damit auch Europa erreicht. Zitronen wurden im 13. Jahrhundert erstmals dezidiert erwähnt.
Den Ursprung der süßen Orange soll in Burma und Assam liegen. Möglicherweise handelt es sich um eine zufällige Kreuzung. Da Orangen apomiktisch sind, also Embryonen aus den weiblichen Samenanlagen bilden, können sie sich auch als Hybride sortenecht fortpflanzen.
Die süße Orange wird erst später von den Portugiesen verbreitet. Daher heißen sie etwa in Griechenland Πορτοκαλί (Portogali).
Die Mandarinen sind in Europa erst im frühen 19. Jahrhundert über Malta und Großbritannien verbreitet worden.
Die Grapefruit (Citrus paradisi) – der taxonomische Name ist eine Anspielung auf die biblische verbotene Frucht- ist wahrscheinlich eine Kreuzung aus Pampelmuse (Citrus maxima) und Mandarine. Sie dürfte auf Barbados entstanden sein und hat im 18. Jahrhundert die USA erreicht.
